Сам нашел.
1. Тайм-зона хранится в переменной окружения TZ (сюрприз для чайника, блин).
2. Инициализация TZ происходит в /etc/profile, но проблема в том, что этот каталог хранится в RAM (или принудительно перезаписывается; после перезагрузки Дюны все возвращается обратно), а чем он создается - я не знаю.
3. LTU при установке подлинковывают ссылку на свой профиль в этот файл, соответственно, я попробовал инициализировать TZ в /ltu/etc/profile: добавил его в общую кучу инициализации переменных окружения (выделил красным):