Лог глянул, не сильно спец, конечно, но чего-то он там на диск ругался, флешку определял, а на диск писал failed to resume link и тп. С винтами Вашими точно все в порядке?
то ошибки были по линии ata, по линии usb вообще винта не было - когда лог снимали винт видать и подключен не был
valekos, ну раз с хабом и конфигом всё ок, могу лишь посоветовать (снова) поиграться с размером кластера на флешке/hdd, форматнуть накопители самой дюной и как написал TrippyCat - попробовать другую версию трансмишена
ещё можно вкл логгирование в трансмишне/заюзать syslogd и посмотреть на что конкретно он ругается + можно снова попробовать винт побить на 2 раздела и покачать для теста
хотя есть кое-что, касательно радикального зависания - последите, дюна у вас случаем виснет не когда вы тв вырубаете ? у меня дюна конфликтовала с hdmi-cec, при отрубе тв - дюна
не в ждущем режим висла намертво, причём происходило совершенно рандомно - могла зависнуть а могла не зависнуть и если не обращать на это внимания, то связать зависания с hdmi трудно