то что перегнать, я раньше всегда так делал, меня смущает отдельные файлы субтитров, боюс рассинхронизации.
Во ж вы все какие боязливые и любопытные ( второе в адрес Demetrius)!!!! 
Скачал одну серию- исходник не воспроизводится.
Пересобрал за 15 секунд так, как указал выше ( то есть добавил к файлу серии надлежащие субтитры ( именно ДОБАВИЛ, а не присоединил!). Всё прекрасно работает , рассинхрона ( какой там может быть рассинхрон с внешними сабами?
) не вижу. Так что mkvmerge в руки и вперёд! 
P.S. Объединять серии в один файл думается смысла нет.
P.S.P.S.Для " полного счастья" проверил вариант с перепаковкой ТОЛЬКО видео файла и использованием внешних сабов как в исходнике - всё прекрасно, так что выбирайте тот вариант, который вам ближе! 
Надеюсь удовлетворил всех! 