В карточке редактирования фильма, вкладка "Издания" выбираете "не сериал", вкладка "Общие" - вводите название дилогии/трилогии/итп и номер серии.
В этом случае добавляются 2 отдельных фильма. Хотя у них конечно серии 1 и 2, но в списке это отдельные фильмы. И на дюну тоже идут без общей папки.
Плюс при экспорте на дюну создается папка сериалы и в ней эти 2 фильма. Хотя в настройках стоит "не сериал" и вкладка сериал в программе исчезает.