Вы же, вроде бы, сами и ответили на свой вопрос) "Проверка чтения помогает" - ошибки файла на диске, не?
Нет, не совсем так - "проверка чтения" (это подфункция Info) не выявляет никаких ошибок. Просто файл прочитывается от начала до конца.
Да, после этого сбои исчезают (если это MKV или ISO - с ВDMV сложнее, все файлы не перечитаешь). Но могут появиться позднее, в произвольный момент - это касается разных записей, как с NAS, так и с внутреннего диска (что, вроде, снимает подозрение с пропускной способности сети). Непонятно.