Да всё уже попробовал. Осталось только полностью настройки сбрасывать
Upd: логически кажется допёр, в чём дело, посмотрев в очередной раз файл дюнефолджера. Там в начале перечисляются файлы, которые обзываются системными, чтобы их спрятать, перечисляются через запятую. Так уж совпало, что впервые проблема вылезла на файлах, в названии которых сюжеты перечисляются через запятую (передачи "How it's made"). Подумал, что причина верхняя запятая в названии папки, убрал - не помогло. Следующая папка практически сразу оказалась с сериалом "Саша добрый, Саша злой", файлы называются так же. Думаю, виновата запятая в имени файла, поэтому дюна не понимает, что это не два или три файла, а один и спрятать его не может.
Проверил: помогло групповое переименование в тотал коммандере с удалением запятых.